农作物的生长不可缺少的主要是氮、磷、钾（N、K、P）元素，号称肥料的"三要素"，也是一切生命的主要营养元素。自然界中的氮、磷、钾元素含量原本非常丰富，空气中氮元素含量占4/5；但气态氮不能为高等植物直接吸收利用，自然界只有极少数原核类微生物能将气态氮固定转化为植物可吸收的氨态氮，即生物固氮。此外，土壤中含量丰富的磷钾矿物也不能为农作物直接吸收。自然界也只有少数种类的的微生物能转化土壤难溶性磷钾矿物中的磷钾元素为有效养分，称为磷细菌和钾细菌。

豫园微生物肥中的固氮菌为固氮芽孢杆菌，它在生长繁殖过程中，能分泌多种维生素物质和多种生长素，如环已六醇、烟碱酸、泛酸、硫胺素（BVI）等，可被植物直接吸收。

豫园微生物肥中的磷细菌是一种巨大的芽孢杆菌，是稻田中的主要解磷菌，数量最多，作用最强，它在载体草碳中发酵，能提高草碳中的有效磷30%。